Entwicklung eines Protokolls zur Probenentnahme für Routine-SARS-CoV2 Testungen
Wir haben ein Protokoll zur Probenentnahme und -handhabung von Rachenflüssigkeit entwickelt, das durch einfaches Gurgeln auch zuhause durchgeführt werden kann. Diese Methode reduziert den logistischen Aufwand und das Infektionsrisiko, das mit einer zentralisierten Probennahme verbunden ist. Das Protokoll wurde umfangreich mit Proben von COVID-19 Patienten validiert. In den Test zeigte sich, dass in den durch Gurgeln gewonnen Proben SARS-CoV-2 Infektionen mit ähnlicher Sensitivität/Empfindlichkeit nachgewiesen werden konnte , wie in üblichen Nasen-Rachen-Abstrichen.
Alle Komponenten für den SARS-CoV2 Nachweis mittels RT-qPCR wurden verglichen, bewertet und optimiert
Wir haben umfangreiche Benchmark-Tests durchgeführt:
zur Probenaufarbeitung und RNA Gewinnung
zu Primer/Gensonden-Sets inklusive aller verbreiteten und neuentwickelten Primer
zu RT-qPCR Protokollen, inklusive verschiedener, kommerziell verfügbarer Kits und maßgeschneiderte Enzyme und Reagenzien
Basierend auf diesen Analysen haben wir:
Experimentelle Standards für Benchmark-Tests von RT-qPCR Protokollen entwickelt
Passende Primer/Gensonden Sets für den ultra-sensitiven und spezifischen SARS-CoV-2 Nachweis entwickelt
Verfahren zur internen Qualitätskontrolle von Proben verbessert
RT-qPCR Protokolle entwickelt, die die Kosten pro Testlauf substantiell verringern (um bis 80%)
Entwicklung eines standardisierten Verfahrens für spezifische, skalierbare und kosteneffiziente SARS-CoV-2 Testungen
Wir haben die verschiedenen optimierten Komponenten und Protokolle in ein standardisiertes Verfahren für den SARS-CoV-2 Nachweis mit hohem Durchsatz zusammengeführt. Benchmark-Analysen mit COVID-19 Proben zeigen, dass unser Verfahren der Sensitivität und Spezifität von klinischen Diagnosetests entspricht. (Pearson-Korrelation der Ct-Werte = 0.97). Mit unserem automatisierten Verfahren sind wir in der Lage um die 4000 Proben pro Tag zu analysieren. Weiters haben wir begonnen die Möglichkeit des „sample pooling“ zu evaluieren, um den möglichen Probendurchsatz weiter zu erhöhen. Mit unserem ultra-sensitiven Verfahren ist es möglich, bis zu neun Proben zusammengefasst zu testen, ohne falsch-negative Resultate zu bekommen.
Anwendung unserer SARS-CoV-2 Testplattform im Rahmen erster Pilotstudien
Nach der Entwicklung unseres optimierten, kosteneffizienten Verfahrens und der automatisierten Arbeitsschritte haben wir begonnen, die SARS-CoV-2 Testplattform in ersten Pilotstudien mit mehreren tausend Gurgelproben anzuwenden. Zur Verwaltung der Proben und Resultate haben wir eine Datenbank und eine Benutzeroberfläche entwickelt, die es ermöglicht, in anonymisierter Form Proben zu verarbeiten und Resultate abzurufen.
Innovative Verfahren für SARS-CoV-2 Testungenin bevölkerungsweitem Maßstab sondiert
Wir entwickeln innovative NGS, RT-LAMP und CRISPR/CAS9 basierende RNA-Nachweisverfahren. Diese Methoden bergen vielversprechendes Potential bevölkerungsweite Testkapazitäten aufzubauen.
Unser Know-How und Protokolle mit zahlreichen Instituten in Österreich und weltweit geteilt
Wir haben alle oben genannten Aktivitäten und Protokolle mit ähnlichen Initiativen weltweit geteilt. Wir folgen dabei unserer Überzeugung, dass es eine breite Allianz von Grundlagenforschung und Medizin braucht, um die COVID-19 Pandemie effektiv zu bekämpfen.